1、签订的主体不同：
合同工是员工和劳务派遣公司签订合同，并派遣到各项目上，合同一般存在3年左右的期限。实际上很多时候都是国企单位直接招聘人员，正式工作后签订劳务派遣合同，管理及调遣由工作单位人力资源部负责，与派遣公司不产生直接联系。
正式工是员工与工作单位签订劳务合同，合同期限较长。需要注意的是，本科毕业生需进过一年见习期方可成为正式工，但见习期间待遇与正式工无差别。
2、工资、福利待遇等：
工资：大致采用此方式计算：基本工资+绩效+奖金+各类补贴-五险一金。采用“定岗定薪”方式，基本工资及奖金根据所属岗位制定。
合同工较合同工不会缴纳住房公积金，其他无明显差别。表现良好的的合同工，在完成项目部评定及公司评定后，可转换为正式员工。
3、工作权限不同：
合同工在日常执法行动中，只能是协助执法，而正式工具有执法权，可以指挥合同工协助执法。
4、招聘方式不同：
合同工是通过人事部门，或者用人事部门自行发布招聘信息，通过面试流程后，与用人部门签订劳动合同，建立的是劳动关系；正式工则是通过公务员考试、事业单位考试和部队军官转业安置等方式获取编制而上岗工作。
5、在政府部门，合同工没有国家编制，正式工有国家编制，福利待遇也不同；
在民营企业中，两者没有特别的差别。
扩展资料：
一、合同工
合同工（contract worker），企业、事业单位通过签订合同招收的短期性工人。合同一般采取书面形式，内容包括时限、任务及共同遵守的各项义务等。
在现行的企业用工中还有一种形式，就是“劳务派遣工”，其性质和特点是“临时性、辅助性和替代性”，不属于用工单位的正式职工，而是用工单位临时（不得超过6个月）租赁劳务派遣公司的员工。
劳务派遣，又称劳动派遣、劳动力租赁，是指由派遣机构与派遣劳工订立劳动合同，由派遣劳工向要派企业给付劳务，劳动合同关系存在于派遣机构与派遣劳工之间，但劳动力给付的事实则发生于派遣劳工与要派企业之间。劳动派遣的最显著特征就是劳动力的雇用和使用分离。
二、正式工
正式员工是指通过试用期考察后被公司正式录用的员工。
一般企业招聘员工后，为了考察员工的实际工作能力、工作态度、为人处世情况而往往会给予一定的试用期（一般从几天到三个月不等）。通过这个试用期来考察一个员工的综合能力，看其能否适应这份工作以及将来的发展潜力。而被公司录用后，公司会与之签订正式的劳动合同。这时你就是一个正式员工了。
参考资料：百度百科-合同工百度百科-正式员工